2000-2008

Es tercero del Apertura y cuarto del Finalización y queda quinto con 69 puntos, afuera del cuadrangular final, por partidos ganados. Llega a la final de la Copa Merconorte en una buena campaña, empata 5-5 en un partido histórico con Toluca (además le gana 1-0 en México, siendo el único club del país en ganar allí en un torneo oficial). En 2001, noveno del Apertura, segundo del Finalización, es eliminado fácilmente en las finales, gana la Copa Merconorte en Guayaquil a Emelec en penales, su primer título en 12 años.
En 2002 la crisis económica llega a su peor momento, puesto 13 en el Apertura (a partir de ese año se dan dos estrellas al año) y 16 en el Finalización, se llegó a temer por la desaparición del club.
En el Apertura 2003 termina segundo de la fase regular y tercero de su grupo en la semifinal, el equipo resucita y en el Finalización, estuvo a 7 minutos de la final, cuando se deja ganar del Deportivo Cali por 2-3 en Bogotá cuando con el empate le bastaba, es tercero del año y clasifica a la Copa Sudamericana.
En 2004 es décimo del torneo Apertura, la crisis que se creía superada, vuelve a todo su furor en el segundo torneo, llegándose a pensar en la quiebra, se acoge a la ley 550, juega con juveniles el Finalización y hace la peor campaña de su historia (penúltimo). En la Copa Sudamericana cae en dieciseisavos de final.
En 2005, es decimotercero del Apertura, en el Finalización lidera las primeras 7 fechas (con 6 triunfos consecutivos, record desde 1966), pero se desploma y termina 13, afuera de las finales.
En 2006 llega Miguel Augusto Prince como técnico, el equipo es sexto y en las semifinales ultimo del grupo. En el Finalización luego de caer 1-2 en Cúcuta Deportivo es reemplazado por Juan Carlos Osorio, que venia de ser asistente técnico del Manchester City, gana cinco juegos consecutivos, clasifica de octavo a las finales, termina tercero del torneo, quedando afuera en la ultima fecha y en la sumatoria del año es quinto, clasificando a la Copa Sudamericana por segunda vez. En el torneo Apertura de 2007, Millonarios de la mano de Juan Carlos Osorio de nuevo cumple una buena campaña, termina en cuarto lugar en la fase regular y en su grupo en las semifinales, lucha hasta el ultimo juego por el paso a la final, terminando en cuarto lugar de la sumatoria del torneo. Juan Carlos Osorio se marcha al Chicago Fire de la Major League Soccer de Estados Unidos y es reemplazado por el uruguayo Martín Lasarte quien deja sumido al equipo en el ultimo lugar del torneo Finalización, siendo relevado por el argentino Mario Vanemerak, ex-jugador del club.
Con Vanemerak avanzó a las Semifinales de la Copa Sudamericana 2007 después de eliminar en Primera Fase al equipo peruano Coronel Bolognesi, luego de caer por 0:1 en Bogotá y ganar por 1:0 en Tacna, Perú, venciendo en la definición por penales por 5:4. En la Segunda Fase, eliminó a uno de sus grandes rivales el colombiano, Atlético Nacional; el primer partido disputado en la capital antioqueña terminó 2:3 a favor de Millonarios y en Bogotá igualaron 0:0. El 25 de septiembre, en Octavos de Final, Millonarios eliminó a Colo-Colo, de Chile. Los juegos de ida y vuelta finalizaron 1-1. La clasificación se definió en Santiago de Chile desde los lanzamientos desde el punto penal, que ganó Millonarios por 7:6. El 10 de octubre venció por 0:1 al São Paulo FC en el Estadio Morumbi en el partido de ida de los Cuartos de Final, convirtiéndose en el primer equipo colombiano en ganar en São Paulo por torneos oficiales (ya había sido antes el único en ganar en juegos amistosos); en el partido de vuelta disputado el 24 del mismo mes en Bogotá, Millonarios gano por 2:0 con dos anotaciones de Ricardo Ciciliano, avanzando a las Semifinales, fase en la cual se enfrentó con el América de Mexico. El juego de ida disputado el 7 de noviembre en la capital colombiana finalizó 2:3 a favor del conjunto visitante luego que Millonarios arrancara perdiendo 0:2 y lograra empatar el juego. La vuelta se jugó en Toluca en el Estadio Nemesio Díez el 13 del mismo mes; con resultado final de 2:0 a favor del América de Mexico. El equipo azul termino en Tercer lugar de la Copa Sudamericana 2007, sumando 15 puntos en 10 partidos disputados.
En el Torneo Apertura 2008, Millonarios de nuevo se quedó por fuera de los cuadrangulares semifinales tras cumplir una campaña irregular que lo dejó en el puesto 11. A pesar de ello, los 'Azules' pelearon hasta la última fecha su entrada a la semifinal del fútbol colombiano. Durante ese lapso pasaron dos entrenadores: Vanemerak y Bonner Mosquera, quien fue interino.