1940 a 1952

Desde su creación, Millonarios se convirtió en uno de los equipos importantes de Colombia, al conseguir importantes títulos en los torneos de liga aficionados y partidos internacionales que se disputaban, además de hacer varias giras por todo el país logrando importantes triunfos, y al convertirse en el gran favorito al título desde el momento en que surgió el primer campeonato de Fútbol Profesional Colombiano, en 1948.
A partir de 1940 y con el equipo ya estructurado, ingresó al campeonato de la A.D.B. (Asociación Deportiva de Bogotá), que era el torneo de segunda categoría de la Liga de fútbol de Cundinamarca, logrando en ese mismo año el título y el ascenso a la primera categoría, en la que participó de 1941 a 1945 en la que consiguió cuatro títulos (1941, 1943, 1944 y 1945) y un tercer lugar (1942), haciéndolo el equipo más ganador de la época amateur, antes del inicio del profesionalismo colombiano.[9]
En 1942 cuando Santa Fe ascendió, jugaron el primer clásico de la historia del fútbol bogotano, con victoria por 4:1) a favor del entonces Deportivo Municipal.[9]
En 1941 se vincularon dos hombres claves en la historia de la institución, el barranquillero Alfonso Senior y el ecuatoriano Mauro Mortola. Alfonso Senior trabajaba como director de Roldan Calle y Compañía Agente de Aduanas en Santiago de Cali y manejaba el fútbol de la capital vallecaucana junto al secretario de hacienda, Pascual Guerrero, allí se conoció con Mortola que manejaba la ‘‘Ciudad de Hierro’’ y venia de Bogotá, le comentó en cierta ocasión a Senior que en Bogotá existía un equipo llamado Club Deportivo Municipal con inmejorables figuras argentinas y colombianas al que apodaban "Los Millonarios" y le sugirió traerlo de gira a Santiago de Cali porque este equipo jugaba muy bien al fútbol, Senior aceptó porque ya había oído hablar de Millonarios.
Se realizaron todas las gestiones necesarias y se logró concretar una exitosa gira de Millonarios por Santiago de Cali, a la cabeza viajo Manuel Briceño Pardo como presidente de la delegación, allí venció a los dos equipos estructurados de la ciudad, América de Cali y Boca Juniors.
Luego en 1942 cuando Senior es trasladado a la gerencia de Aduanas en Bogotá se vincula al club, junto a otros nuevos miembros como Carlos Valderrama y Manuel José Bonilla, la Familia Helo y el mismo Mortola que se establece definitivamente en Bogotá.
En ese mismo año Senior y Mortola traen de gira al 11 de Noviembre de Cartagena y al Junior de Barranquilla, a través del Río Magdalena, a los que Millonarios también vence. En octubre jugó por primera vez en Medellín, participando de la Copa Club Unión (de aniversario de la cervecera antioqueña), donde vence a Unión Indulana (actual Atlético Nacional) por (4:0)(primer duelo entre ambos clubes), a Huracán por (4:1) y en la Final cayó el 8 de octubre ante el Deportivo Independiente Medellín por (1:3), en juegos en la cancha de Los Libertadores, luego viaja a Bucaramanga donde vence por (3:2) a la Selección de Santander, campeona nacional departamental. Durante los siguientes años se siguieron realizando más partidos interdepartamentales.[10]
Para 1944 se había agotado el dinero donado por el Municipio y el posterior aportado por Manuel Briceño Pardo y Alberto Lega, pero afortunadamente se decide conformar una Primera Junta con el nombre de Millonarios (eliminando del nombre el "Municipal"), bajo la presidencia de Francisco Afanador y que gracias a los aportes de los dirigentes, logra devolver a la normalidad la situación financiera del equipo, además se tenía como objetivo gestionar y cristalizar el proyecto de un club organizado de nivel profesional y se continuó consolidando esta idea en los siguientes dos años, teniendo como hechos principales, dos reuniones celebradas en el Teatro Atenas en Noviembre de 1945 y la segunda el 22 de mayo de 1946 donde se firma el Acta 001 y se lleva a cabo la primera asamblea general de la nueva institución.
Finalmente en una tercera reunión el 18 de junio de 1946 se lleva a cabo su constitución legal oficial con el nombre de Club Deportivo Los Millonarios,[11] en el teatro del colegio que lo vio nacer, el San Bartolomé (Carrera Séptima con Calle 9), en el Centro Histórico de Bogotá, a la que asistieron los hinchas más fieles que ya tenía el Deportivo Municipal (unas 200 personas), bajo escritura pública número 2.407 de la notaría tercera del circuito de Bogotá.
Se eligió a Alfonso Senior Quevedo como primer presidente, a Mauro Mortola como vicepresidente y como tesorero se nombró a Oliverio ‘‘Paco’’ Pulido. Como en aquella época no existía legislación sobre sociedades deportivas, el doctor Abel Cruz Santos sugirió en hacer una sociedad sin animo de lucro, fue el quien redacto los estatutos en los que se suscribían acciones a $10 c/u.
Para 1946, los tres equipos semiprofesionales de la ciudad (Millonarios, Santa Fe y Universidad) se retiran de los torneos de liga departamental y se dedican exclusivamente a los partidos interdepartamentales e internacionales.
Alfonso Senior continuo revolucionando el fútbol del país, ya que junto con el presidente del América de Cali, Humberto Salcedo Fernández ‘‘Salcefer’’, proyectaron en 1947 un campeonato nacional y organizaron el único campeonato Interderpartamental que se jugó en el fútbol colombiano antes del profesionalismo, una temporada Nacional disputada en Bogotá con la participación de los equipos semiprofesionales más destacados del país, y en la que Millonarios se corono como Campeón de este único antecedente de torneo nacional, superando por 1 punto a su rival de plaza, Santa Fe que termino segundo.
Luego de la realización de esta temporada Nacional, los equipos estaban cansados de pagarles impuestos del 5 y 10 % para permitir juegos interdepartamentales a las ligas del fútbol aficionado, regidas por la Asociación Colombiana de Fútbol (Adefútbol), creada en 1926, reconocida por la FIFA en 1934, que controlaba las ligas departamentales y que estaba radicada en Barranquilla.
Finalmente el 28 de junio de 1948 sesionaban simultáneamente en la Sociedad de Mejoras Públicas de Barranquilla, la asamblea de las Ligas de la Adefútbol y los representantes de los Clubes presididos por Alfonso Senior. Se designó a Senior y a ‘‘Salcefer’’ como la comisión que se encargaría de plantearle la creación de un campeonato profesional a la Adefútbol. Al día siguiente el presidente de la Adefútbol, Carlos García, rechazo la propuesta, ya que las ligas se negaban a la profesionalización, no hubo acuerdo y los clubes se retiraron de la reunión.
Luego sesiono por primera vez y se nombró el primer consejo directivo de la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) con ‘‘Salcefer’’ como Presidente y Alfonso Senior como Fiscal, se estableció a Bogotá como sede de la entidad y se decide organizar el primer Campeonato de Fútbol Profesional Colombiano. Se cobraron mil pesos ($1.000) m/cte para la afiliación de cada equipo y los primeros diez miembros fueron, por Bogotá: Millonarios, Santa Fe y Universidad, por Cali: América y Deportivo Cali, por Medellín: Independiente Medellín y Atlético Municipal, por Manizales: Deportes Caldas y Once Deportivo y el Atlético Júnior por Barranquilla.
El 15 de agosto de 1948 debutó en el inicio del profesionalismo, en El Campín, a las 4:00 de la tarde, con lleno de 25.000 espectadores y goleada por (6:0) sobre el Once Deportivo de Manizales, el arbitro fue Luis Rendón y el cuadro albiazul formo con: Rubén Rocha, Ángel Insagaray, Tomas Aves, Luis Mendoza, Alfonso Piedrahita, Policarpo "Polo" Pérez, Alfonso "Pipiolo" Rodríguez, Víctor Manuel Fandiño, Alfredo Castillo, Pedro Cabillón y Alcides Aguilera. En ese primer Campeonato termino en el Cuarto lugar. Aunque en ese año no se logró la estrella, Millos obtuvo la delantera más goleadora con 58 tantos, de los cuales 45 fueron de los argentinos Alfredo Castillo (31) y Pedro Cabillón (14).
Al año siguiente, 1949, se inició la época del "Dorado" del fútbol colombiano, con la contratación por parte de Millonarios de Adolfo Pedernera y la posterior llegada de Alfredo Di Stéfano y Néstor Raúl Rossi. Así nació el equipo conocido como el Ballet Azul y la liga colombiana se llenaría de estrellas. Millos consiguió en esa temporada su primer título. En 1950 fue subcampeón y luego obtuvo un tricampeonato consecutivo (1951, 1952 y 1953). También ganó la Copa Colombia en 1952-53.
Algunos hechos importantes de esos primeros años fueron: la gira de casi medio año Ecuador (Octubre 1946/Febrero 1947), en la que gano todos sus partidos (incluyendo al seleccionado ecuatoriano); ser el primer equipo colombiano en ir a jugar a Brasil y el primero en ganar en Río de Janeiro en diciembre de 1948 por (4:2) al Madureira; haber logrado la visita del primer equipo europeo a Colombia (el "Hungaria", donde jugaba Ladislao Kubala y dirigido por Ferdinand Daucik) y ganarle (2:1) en 1950; y ser el primer equipo del país en ir a jugar a la tierra de los entonces campeones del mundo, Uruguay, en 1952.