1960-1969

Inicia otra gran época de los Embajadores, desde 1959 a 1964, ganó 5 de los 6 campeonatos de liga disputados, 4 de ellos consecutivos en un ciclo liderado por su técnico, el doctor Gabriel Ochoa Uribe. En este ciclo, el club embajador lidero de palmo a palmo en el fútbol del país e hizo su gran diferencia en cuanto a títulos locales se refiere. Gabriel Ochoa Uribe conquisto 6 títulos como técnico de Millonarios y otros 4 más como jugador, siendo el más ganador de la historia del club en términos generales. En 1960 llego a Semifinales de la Copa Libertadores de América cayendo ante Olimpia de Paraguay, siendo el segundo en puntos en la tabla general, en ese mismo año juega por primera vez ante el Santos FC de Pelé venciéndolo por 1-0 con gol de Rubén Antonio Pizarro, lo enfrentaría de nuevo en 1967 cuando gana 2-1 con dos goles del argentino Eduardo Cassi, además ese año vence otra vez al Racing de Argentina, campeón de América y del mundo ese año y lo derrota 1-0, también empata con el Napoli de Omar Sívori y José Alfatini.
En 1963 juega el partido con más goles de su historia, cayendo 5-6 ante el Botafogo de Garrincha, con sobrecupo en El Campín. El 13 de Agosto de 1968 se convierte en el primer equipo colombiano en jugar con la Selección de Argentina dirigida por su ex-figura Adolfo Pedernera, cayendo 0-1 en Buenos Aires.
En 1969 incorpora al gran arquero Amadeo Carrizo y gana el torneo Finalización en penales al Deportivo Cali, siendo su primer torneo ganado en esta modalidad instaurada en 1968.