1990-1999

Fue la década más difícil del club, viviendo el dolor de los puestos secundarios, por segunda vez queda noveno y afuera de las finales en 1990, en 1991 gana el Apertura pero solo termina quinto, en 1992 repite el mismo lugar, en ambos eliminado en Semifinales, en 1993 es sexto, de nuevo llegando hasta semifinales, en 1994 gana el Apertura, segundo del Finalización y subcampeón por bonificación regresando a la Copa Libertadores de América donde cae en Cuartos de Final. En 1995 con un equipo satélite es puesto 13 y en el torneo 1995/1996 es subcampeón, termina el cuadrangular final con más puntos que el Deportivo Cali (12 contra 11), pero el Deportivo Cali tenía un punto de bonificación y a pesar de superarlo en partidos ganados y diferencia de gol, el título se define por mejor reclasificación, ganándolo el equipo de Deportivo Cali, fue su ultimo subcampeonato.
En el torneo 1996/1997, termina en penúltimo lugar en el Apertura, pero segundo del Finalización en un gran repunte, en las Semifinales, iguala en el primer lugar de su grupo en 12 puntos, perdiéndolo por diferencia de gol (esta vez no contó la bonificación), juega por el tercer lugar del torneo y el cupo a la Copa Conmebol, ganándoselo al Once Caldas de Manizales por su bonificación (esta vez curiosamente si contó). En la Copa Libertadores de América, cae en penales ante Peñarol de Uruguay en Octavos de final.
En 1998 llega a las semifinales, pero apenas es séptimo, vuelve a llegar a la Semifinal de un torneo de la CONMEBOL, la Copa Merconorte, en 1999 logra el mayor invicto sin perder, 29 fechas, gana el Finalización, pero queda sexto en las Semifinales y eliminado de la Final.